Toutefois, cela ne signifie pas qu’elles n’accueillent que des coreligionnaires pratiquants. La plupart ont élargi et « laïcisé » leur projet pédagogique. Elles proposent surtout un encadrement renforcé (études dirigées, règlement intérieur astreignant) ainsi que des accompagnements spécifiques (soutien individualisé, classes à petits effectifs). Si elles sélectionnent effectivement leur public, cette pratique ne doit pas reposer sur une quelconque discrimination de race ou de religion.
En général, c’est le dossier scolaire (de préférence « bon ») des enfants qui se révèle déterminant. Pour le reste, leur programme et leurs méthodes d’enseignement sont dictés par les mêmes directives ministérielles que dans le public: nombre d’élèves par classe identique, respect des décisions des conseils de classe des établissements précédents (redoublement, orientation, passage). Leurs professeurs font l’objet d’une notation pédagogique. Leur financement est en partie assuré par l’État (loi « Debré » 59-1557 du 31 décembre 1959) qui prend sous sa responsabilité la rémunération des personnels enseignants, les charges sociales et fiscales incombant à l’employeur, les dépenses de formation initiale et continue des professeurs.
Par ailleurs, les collectivités locales participent au fonctionnement matériel des classes sous forme de forfaits tandis que la contribution financière des départements et des régions demeure obligatoire pour les niveaux secondaires. Ainsi, les sommes à débourser par les parents via les frais d’inscription concernent uniquement les occupations non inscrites dans les instructions officielles, les activités confessionnelles, l’internat, le personnel spécifique aux établissements, la cantine et l’entretien des bâtiments, soit – tout compris – entre 500 et 1500 euros par an.